年会において、生物物理学の発展に貢献しうる一般演題を発表する優秀な本会会員（入会手続き中を含む）であり、以下の条件を満たす者。

1. 応募年の4月1日に35歳以下または学位取得後8年以内の者。出産や介護等の期間がある場合は、応募年の4月1日に37歳以下または学位取得後10年以内の者。
2. 演題の筆頭著者として発表申し込みを行い、実際に発表する者。
3. 過去に「日本生物物理学会若手奨励賞」あるいは「若手招待講演賞」を受賞している場合は、受賞内容に関する総説か原著論文を本学会欧文誌（Biophysics and Physicobiology）に掲載済みであること。また、応募する演題が別内容の成果発表であることを条件に応募を認めます。

賞の審査対象は、同年の年会に発表申し込みをされた一般演題の内容です。「若手奨励賞」あるいは「若手招待講演賞」を受賞した場合、原則2年以内に、受賞内容に関する総説か原著論文を本学会欧文誌（Biophysics and Physicobiology）に投稿することが義務づけられています。学生会員の場合、「若手奨励賞/若手招待講演賞」と「学生発表賞」の両方に応募することが可能です。若手奨励賞／若手招待講演

賞に応募資格のある理事は、理事会における賞の選考過程に関わりません。